口腔组织病理学是基础与临床的桥梁学科，是全国最早建立的学科。教育部硕士培养点，全国《口腔组织病理学》统编教材主要编审之一，承担《华西口腔医学杂志》、《国外医学口腔分册》编审工作，并与国外又较广泛的学术交流，目前在全国口腔病理界享有一定声誉和地位。
目前口腔组织病理教研室既承担口腔专业的基础教学，临床外检工作，同时肩负科研任务。目前在职人员7人，其中教授1人、副教授4人、主管技师2人。教研室的病理外检诊断水平在国内处于一流水平，在省内口腔颌面部肿瘤诊断方面有绝对权威地位。
临床外检工作包括：
1、活体组织检查：常规石蜡切片、HE染色、病理诊断。
2、细胞学检查：针吸或刮取细胞涂片，魏氏染色细胞学诊断。
3、冰冻切片病理诊断：手术中切取活体组织、快速冰冻切片、病理诊断。
4、全国及省内疑难病例会诊：院内外疑难病例切片，进行讨论会诊。
5、除常规技术检测外，免疫组织化学、免疫组织化学、扫描透射电镜制样技术、显微镜摄影技术以及分子生物学技术已被广泛应用于疑难病例的诊断。
6、开展各种实验病理技术咨询。
口腔组织病理科设在口腔医院门诊大楼一楼。
